在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性...

在一座名为格鲁伯斯鲁宾（GrubbersNubbin）的小镇上，人们的胆子都很大。因为在小镇附近的一座山上有一个可怕的古堡。古堡里头住着一位疯狂的科学家，他遵循着祖辈留下来的希望要制造出一个最最可怕的怪物。所以，他不断地造啊造啊……古堡渐渐挤满了各种怪物，但是这个疯狂的科学家仍不满足，怪物计划仍在继续着。补丁儿（StitchHead）就是其中的一个也是最早的一个发明产物。他有着一副人类的外观只是比普通人要小上不少，而且他的脑壳上还打满了补丁。他的职责就是保护教授的其他创造物免受格鲁伯斯鲁宾镇居民的伤害。