［１］第１话「特殊公安」第２话「変貌都市」国际的政治犯罪の舞台と化した日本で、様々な外敌と炽烈な戦闘を繰り返す対武装テロリスト部队『特殊公安』。特公新メンバー“エンゼル”はタチハラが乗ったバンを追ったが、そこで目にしたものは炎上するバンと惨杀されたテロリストの死体だった。しかも、この追迹により重伤を负ったメンバーの“ライデン”は行方不明になってしまった。メンバーを１人欠いた特公は、执拗な捜査の果てにタチハラを捕获する。一方、首都圏ではテロリスト惨杀事件が多発していた。［２］第３话「抹杀指令」第４话「痛み」タチハラの口から、特公は谜の巨大组织と彼らが操る“ハンター”という杀戮者の存在を知った。しかし核心に近づく特殊公安に対し上层部から密かに抹杀指令が下された。一方ライデンを追ったエンゼルは、怪しげな研究所で强化人间に改造されたライデンを発见す...
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「GrandOrder」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识GrandOrder，到底是…？...
