一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败...

一个每天都想离家出去玩却始终不成的阿嬷，一个每天都忙碌不已的完美媳妇，一个每天都软烂在沙发上的老公，一个每天跟着阿嬷玩耍的六岁孩子，一个最平凡的家庭。

翰旻（阮柏皓 飾）為了交到朋友而隱瞞自己有通靈眼，卻遇上校長（于子育 飾）意外落水的兒子－允賢（張城熙 飾）的鬼魂前來求助，而在實習土地公范麗絲（林奕嵐 飾）的追捕下，允賢的時間所剩無幾。為了幫允賢...

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙。相同，谜亚星却掉落在...

「中元大餐」故事講述夏靖庭飾演的總鋪師爺爺與孫子阮柏皓，都是具有陰陽眼的通靈料理人，如何透過台灣在地化的美食料理，找回孤魂野鬼與爺孫的過去記憶，藍正龍則飾演與兒子關係疏離的上班族父親。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园之萌骑士传奇》是一部很特别的魔法偶像剧，也是幼幼台今年开台十周年台庆的大戏，要给观众们一个全新的视觉感受，萌学园是一个魔法学园，每个人都有特别与众不同的魔法，戏里会有很多的特效 也有很精采的感情...

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园...

樂悠悠幼稚園逃不過結業的命運，但一眾孩子始終要繼續升學，一年後的今天，七小福們都升讀了一所Happy School──樂天小學，家長也趁機紛紛著手安排「Me Time」。就在各人還在努力適應新階段之時...