東京奪還編、開戦。謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。

时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。

打算于农村度过余生的高龄夫妇「正藏」与「依音」懊悔著过去未能趁年轻时完成许多事，两人觉得拥有彼此的陪伴就已是很幸福的事了，然而…隔天起床时，两人竟发现突然返老还童！？正藏向依音提出蜜月的建议，两人决定重返新婚时代的夫妇生活。