末清初,乱世纷争。天启帝的太子朱慈燃从襁褓中便流落民间。天启7年,天启帝暴毙。同年,其弟信王朱由检继位,改年号崇祯,自崇祯元年起明王朝烽烟四起,闯王李自成,后金努尔哈赤纷纷起兵与明王朝分庭抗礼,崇祯帝一败涂地。流离失所的皇长子朱慈燃成为各政派系争夺的对象.为保太子平安,明朝忠臣冷延泉在民间寻回太子,并将其安排在灵岩寺假意出家为僧,不曾想风声走漏,已归顺清王朝的杭州织造局掌印大太监刘明喜带着大批锦衣卫杀上了灵岩寺,此后汉阳城左家军,大顺李自成亦是蠢蠢欲动
阿李(刘青云 饰)是一位神父,一生兢兢业业传道授业,向世人宣讲神的伟大和光辉。然而,一场意外之中,阿李竟然沦为了强奸犯,被推上了被告人的席位,接受法律的审判。阿李的特殊身份令此案充满了猎奇的意味,人人都认为阿李必定获得有罪判决,然而只有阿李的心中明白,自己从未背叛过信仰 。